Program Studi S2 Pendidikan Matematika berdiri pada tahun 2009 dengan ijin Dikti No. 890/D/T/2009 tanggal 11 Juni 2009. Pada awal berdirinya, Prodi S2 Pendidikan Matematika berada di bawah Program Pascasarjana Undiksha. Namun, sejak tahun 2017, berdasarkan Peraturan Rektor Universitas Pendidikan Ganesha Nomor 105/UN48/PP/2017 yang ditetapkan 10 Januari 2017, pengelolaan Program Magister Prodi Pendidikan Matematika berada di Fakultas MIPA, di bawah koordinasi Jurusan Matematika.